为加大对科技型企业特别是中小企业的政策扶持，有力推动大众创业、万众创新，培育创造新技术、新业态和提供新供给的生力军，促进经济升级转型升级，2016年，科技部、财政部、税务总局联合下发了《关于修订印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》（国科发火〔2016〕32号，以下简称《认定办法》）及配套文件《关于修订印发<高新技术企业认定管理工作指引>的通知》（国科发火〔2016〕195号，以下简称《工作指引》）。
《认定办法》和《工作指引》出台后，《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函〔2009〕203号，以下简称“203号文件”）作为与原《认定办法》和《工作指引》相配套的税收优惠管理性质的文件，其有关内容需要适时加以调整和完善，以实现高新技术企业认定管理和税收优惠管理的有效衔接，保障和促进高新技术企业优惠政策的贯彻落实。
为此，国家税务总局专门发布了《关于实施高新技术企业所得税优惠政策有关问题的公告》。《公告》主要对企业享受税收优惠期间、日常管理、备案管理等事项进行了明确规定。具体如下：
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明确高新技术企业享受优惠的期间
企业获得高新技术企业资格后，自高新技术企业证书注明的发证时间所在年度起申报享受税收优惠，并按规定向主管税务机关办理备案手续。
举例：
A企业取得的高新技术企业证书上注明的发证时间为2016年11月25日，A企业可自2016年度1月1日起连续3年享受高新技术企业税收优惠政策，即：享受高新技术企业税收优惠政策的年度为2016、2017和2018年。
按照上述原则，高新技术企业认定证书发放当年已开始享受税收优惠，则在期满当年应停止享受税收优惠。
为实现优惠政策的无缝衔接，《公告》规定了企业的高新技术企业资格期满当年，在通过重新认定前，其企业所得税暂按15%的税率预缴，在年底前仍未取得高新技术企业资格的，应按规定补缴相应期间的税款。
举例：
A企业的高新技术企业证书在2019年4月20日到期，在2019年季度预缴时企业仍可按高新技术企业15%税率预缴。如果A企业在2019年年底前重新获得高新技术企业证书，其2019年度可继续享受税收优惠。如未重新获得高新技术企业证书，则应按25%的税率补缴少缴的税款。
2
明确税务机关日常管理的范围、程序和追缴期限
《公告》规定了对取得高新技术企业资格且享受税收优惠的高新技术企业，税务部门如在日常管理过程中发现其在高新技术企业认定过程中或享受优惠期间不符合《认定办法》第十一条规定的认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其证书有效期内自不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。
主要概括为以下三个要点：
1.明确后续管理范围
公告将税务机关后续管理的范围明确为高新技术企业认定过程中和享受优惠期间，统一了管理范围，明确了工作职责。
2.调整后续管理程序
调整前：按照203号文件的规定，税务部门发现高新技术企业不符合优惠条件的，可以追缴高新技术企业已减免的企业所得税税款，但不取消其高新技术企业资格。
调整后：税务机关如发现高新技术企业不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格后，通知税务机关追缴税款。
3.明确追缴期限
为统一执行口径，公告将《认定办法》第十六条中的追缴期限“不符合认定条件年度起”明确为“证书有效期内自不符合认定条件年度起”，避免因为理解偏差导致扩大追缴期限，切实保障纳税人的合法权益。
3
明确高新技术企业优惠备案要求
《公告》规定，享受税收优惠的高新技术企业应按规定向税务机关提交企业所得税优惠事项备案表、高新技术企业资格证书履行备案手续，同时妥善保管以下资料留存备查：
1.高新技术企业资格证书；
2.高新技术企业认定资料,包括认定申报书、申报附件证明材料；
3.知识产权相关材料，知识产权证书、购买转让协议；
4.年度主要产品(服务)发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定范围的说明，高新技术产品（服务）及对应收入资料，包括对应的销售合同、收入归集标准、收入归集辅助账等；
5.年度职工和科技人员情况证明材料，包括职工清单、科技人员清单、职工所得税或者社保缴纳资料等；
6.当年和前两个会计年度研发费用总额及占同期销售收入比例、研发费用管理资料以及研发费用辅助账，研发费用结构明细表（具体格式见《工作指引》附件2）；
7.省税务机关规定的其他资料。
4
明确执行时间和衔接问题
主要明确以下三点：
第一
考虑到本公告加强了高新技术企业税收管理，按照不溯及既往原则，明确本公告适用于2017年度及以后年度企业所得税汇算清缴。
第二
《认定办法》自2016年1月1日起开始实施。但按照《科技部 财政部 国家税务总局关于印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》(国科发火〔2008〕172号)认定的高新技术企业仍在有效期内。在一段时间内，按不同认定办法认定的高新技术企业还将同时存在，但认定条件、监督管理要求等并不一致。
为公平、合理起见，公告明确了“老人老办法，新人新办法”的处理原则，以妥善解决新旧衔接问题，即：
1.按照《认定办法》认定的高新技术企业按本公告规定执行
2.按国科发火〔2008〕172号文件认定的高新技术企业仍按照203号文件和《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）的有关规定执行。
第三
明确《国家税务总局关于高新技术企业资格复审期间企业所得税预缴问题的公告》（国家税务总局公告2011年第4号）废止。
来源：国家税务总局、中国税务报
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